Tous les virus mutent naturellement au fil du temps et le Sars-CoV-2 ne fait pas exception. Depuis que le virus a été identifié pour la première fois au début de 2020, des milliers de mutations sont apparues.
Les virus mutés sont appelés variants. La plupart des modifications n’ont que peu ou pas d’impact sur les propriétés du virus, selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS), et beaucoup disparaissent avec le temps.
Mais de temps en temps, un virus réussit un coup de chance en mutant d’une manière qui l’aide à survivre et à se reproduire.
Les experts à travers le monde surveillent l’évolution du virus Sars-CoV-2 afin que les gouvernements puissent réagir aux changements significatifs du virus.
Dans quelle mesure devons-nous nous inquiéter de ces variants ?
Quels sont les principaux variants ?
Les experts sont surtout préoccupés par quatre variants du virus Sars-Cov-2 : Alpha (découvert pour la première fois au Royaume-Uni), Beta (Afrique du Sud), Gamma (Brésil) et Delta (Inde).
Tous sont désignés comme variants préoccupants par l’OMS car ils présentent un risque accru pour la santé publique. Par exemple, en rendant le virus plus infectieux, en provoquant une maladie plus grave ou en lui permettant de résister aux vaccins dans une plus grande proportion des cas.
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Un autre sous-ensemble important de variants est considéré comme “intéressant” parce qu’il semble qu’il ait causé des foyers de maladie ou qu’il ait été identifié dans plusieurs pays.
L’OMS a décidé de les désigner par des lettres de l’alphabet grec afin d’éviter toute association erronée avec les pays où ils ont été identifiés pour la première fois.
Qu’est-ce que le variant Delta ?
Une grande attention est accordée depuis peu au variant Delta, qui s’est révélé être une plus grande menace pour la santé publique que les précédents variants.
Tout d’abord, son taux de transmission est environ 60 % plus élevé que celui d’Alpha, qui était déjà supérieur de 50 % à celui de la souche originale du coronavirus.
Delta est à l’origine d’une deuxième vague d’infections mortelles en Inde, en avril et en mai, et est également devenu le variant dominant au Royaume-Uni. Il a été identifié dans plus de 90 pays dans le monde, avec des épidémies confirmées aux États-Unis, en Chine, en Afrique, en Scandinavie et dans la région du Pacifique.
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Les données britanniques montrent que les personnes non vaccinées infectées par le variant Delta sont deux fois plus susceptibles d’être hospitalisées que celles qui sont atteintes par le variant Alpha.
Des études montrent également que Delta est associé à des symptômes différents de ceux des souches précédentes du coronavirus.
Les symptômes classiques du Covid répertoriés par le National Health Service britannique sont une toux persistante, de la fièvre et une perte de l’odorat ou du goût.
Mais selon le professeur Tim Spector, qui dirige l’étude des symptômes de Zoe Covid, basée sur une application, si la fièvre reste assez fréquente avec Delta, la perte de l’odorat ne figure plus parmi les dix premiers symptômes.
Les maux de tête, les maux de gorge et les écoulements nasaux sont désormais les symptômes les plus fréquents liés aux infections au Royaume-Uni.
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Selon le professeur Spector, cela fait que le virus ressemble davantage à un gros rhume pour les jeunes, ce qui augmente le risque qu’ils soient porteurs du virus sans s’en rendre compte – et qu’ils infectent ensuite d’autres personnes.
Qu’en est-il des variants Delta Plus et Lambda ?
Le 23 juin, l’Inde a inclus Delta Plus, une mutation du variant Delta existant, parmi ses variants préoccupants.
Elle a d’abord été décrite par Public Health England comme étant similaire à Delta, mais avec une mutation supplémentaire (K417N) dans la protéine spike qui permet au virus de se fixer aux cellules infectées.
Delta Plus a été détecté dans neuf autres pays – États-Unis, Royaume-Uni, Portugal, Suisse, Japon, Pologne, Népal, Russie et Chine.
Selon le ministère indien de la santé, Delta Plus se propage plus facilement, se fixe plus facilement aux cellules pulmonaires et est potentiellement résistant à un type de traitement médicamenteux appelé traitement par anticorps monoclonal.
Mais d’éminents virologues affirment qu’il n’existe pas suffisamment de données pour étayer ces conclusions et que l’OMS ne l’a pas désigné comme une variante préoccupante ou intéressante.
Elle a toutefois récemment ajouté Lambda à la liste des variants d’intérêt. Il a été associé à des cas de Covid dans de nombreux pays, notamment en Amérique du Sud et dans les Andes (Pérou, Chili, Argentine et Équateur).
Le variant a été trouvé dans 29 pays, selon l’Initiative mondiale pour le partage des données sur la grippe aviaire, qui partage également les données sur le virus Covid-19.
Pablo Tsukayama, microbiologiste de l’université péruvienne Cayetano Heredia et l’un des chercheurs à l’origine de l’identification de la nouvelle variante, a indiqué à la BBC que le Lambda “est probablement plus transmissible, car c’est la seule façon d’expliquer sa croissance rapide”.
“Et le simple fait qu’il soit plus transmissible signifie plus d’hospitalisations et de décès”.
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Selon le professeur Tsukayama, des preuves anecdotiques suggèrent que le variant peut causer plus de problèmes intestinaux, mais les preuves sont limitées pour dire s’il est plus résistant aux vaccins.
L’OMS indique que d’autres études sont nécessaires pour comprendre l’ensemble de son impact.
Les vaccins protègent-ils contre les variants ?
Heureusement, des études ont montré que les vaccins disponibles sont toujours efficaces contre les nouveaux variants du Sars-CoV-2.
Mais leur efficacité est réduite contre les nouveaux variants par rapport à la souche originale du coronavirus, en particulier après une seule dose.
Dans une étude de Public Health England, une dose de vaccin Pfizer ou AstraZeneca n’a conféré qu’une protection de 33 % contre la variante Delta, contre 50 % contre la variante Alpha. Toutefois, ces niveaux ont augmenté après la deuxième dose pour atteindre 88 % pour le Pfizer et 60 % pour l’AstraZeneca.
Une étude distincte menée par l’Université d’Oxford a confirmé que les vaccins Pfizer et AstraZeneca étaient tous deux efficaces contre les variantes Delta et Kappa identifiées en Inde.
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Dans leur article publié dans la revue Cell, les chercheurs ont désigné les deux variantes par leur code de lignée commun, en déclarant : “Il n’y a pas de preuve d’un échappement généralisé aux vaccins : “Il n’y a pas de preuve d’échappement généralisé, ce qui suggère que la génération actuelle de vaccins assurera une protection contre la lignée B.1.617.”
Mais comme les vaccins ne sont pas efficaces à 100%, les variantes entraîneront également des cas d’hospitalisations et même des décès parmi les personnes vaccinées, selon les Centres américains de contrôle et de prévention des maladies (CDC) – en particulier chez les personnes qui n’ont reçu qu’une seule dose.
Selon les CDC, plus de 144 millions de personnes ont été totalement vaccinées aux États-Unis à la date du 14 juin, avec 3 729 cas de percées infectieuses et 671 décès.
Comment lutter contre les nouveaux variants ?
Face à la propagation rapide du Delta au Royaume-Uni, les gouvernements d’Angleterre, d’Écosse et d’Irlande du Nord réduisent l’intervalle entre la première et la deuxième dose de vaccin pour les groupes plus âgés.
Les plus de 40 ans peuvent désormais prendre rendez-vous à huit semaines d’intervalle – un intervalle plus court que les 12 semaines précédentes – et la vaccination a également lieu le week-end.
Mais l’acceleration du rythme de la vaccination est un défi, en particulier pour les pays à revenu faible ou intermédiaire.
En Inde, par exemple, moins de 4 % de la population est totalement vaccinée, et seulement 18 % a reçu sa première dose, selon la publication scientifique Our World in Data.
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Les experts de ce pays soulignent donc l’importance de surveiller le virus par le biais du séquençage de l’ADN, qui consiste à examiner des échantillons du virus pour identifier les mutations génétiques.
Certains soulignent également la nécessité de prendre des mesures pour réduire les infections et faire face à la pandémie sur le long terme.
“Nous devons intensifier nos efforts de séquençage pour identifier rapidement les variantes dangereuses et appliquer des mesures de confinement”, déclare le Dr Lalit Kant, épidémiologiste.
L’Inde commence à reprendre ses activités et le Dr Kant pense qu’une troisième vague est inévitable.
“Mais nous pouvons la retarder et la contenir grâce à des mesures appropriées comme le séquençage – pour garder un œil sur les mutations – et l’application stricte des protocoles de sécurité”, dit-il.
Le professeur SV Subramanian, du Geographic Insights Lab de l’université de Harvard, estime que les pays ne seront pas en mesure de “vacciner pour se sortir de la pandémie”.
Il demande que l’on se concentre davantage sur les traitements et sur la préparation du système de santé en ce qui concerne les lits, les ventilateurs, l’oxygène et le personnel.
“À mon avis, face à un virus qui semble muter (peut-être encore plus après les campagnes de vaccination), il n’y a tout simplement aucun moyen de gagner contre le virus. Mais nous pouvons mettre en place des systèmes qui rassurent les personnes qui ont besoin de soins, ceux-ci étant disponibles, accessibles et abordables.
“Il est grand temps de reprendre les efforts en faveur des traitements et du renforcement de nos systèmes de santé.”
